Her er fem viktige problemer ved biologisk og kjemisk evolusjon.
Genetikk
Darwinistisk evolusjon baserer seg på tilfeldige mutasjoner som velges ut av en blind, ikke-styrt naturlig seleksjonsprosess som ikke har noe mål. En slik tilfeldig og ustyrt prosess har en tendens til å skade organismer og forbedrer dem ikke eller skaper kompleksitet.
Som biologen Lynn Margulis fra National Academy of Sciences har sagt:
«Nye mutasjoner skaper ikke nye arter; de skaper avkom som er svekket.»
Tidligere president i det franske vitenskapsakademiet, Pierre-Paul Grasse, hevdet at
«[m]utasjoner har en svært begrenset ‘konstruktiv kapasitet'» fordi «[u]ansett hvor mange de er, skaper ikke mutasjoner noen form for evolusjon.»
Biokjemi
Ikke-styrte og tilfeldige prosesser kan ikke skape cellulær kompleksitet. Cellene våre inneholder en utrolig kompleksitet. Disse er som miniatyrfabrikker som bruker maskinteknologi, men som overgår kompleksiteten og effektiviteten i alt som er produsert av mennesker.
Cellene våre bruker miniatyrkretser, motorer, tilbakekoblingssløyfer, kodet språk og til og med feilsøkingsmaskineri for å dekode og reparere DNA-et vårt. Darwinistisk evolusjon sliter med å bygge denne typen integrert kompleksitet. Som biokjemikeren Franklin Harold innrømmer:
«Det finnes i dag ingen detaljerte darwinistiske beskrivelser av utviklingen av biokjemiske eller cellulære systemer, bare en rekke ønskespekulasjoner.»
Paleontologi
Fossilene mangler mellomliggende fossiler. Det generelle mønsteret i fossilmaterialet er en brå eksplosjon av nye biologiske former, og mulige kandidater for evolusjonære overganger er unntaket, ikke regelen.
Dette har blitt anerkjent av mange evolusjonsbiologer, for eksempel Ernst Mayr, som i 2000 forklarte at:
«[n]ye arter dukker vanligvis plutselig opp i fossilmaterialet, uten at de er forbundet med sine forfedre gjennom en rekke mellomliggende fossiler.»
I en lærebok i zoologi står det også at:
«mange arter forblir praktisk talt uforandret i millioner av år, for så plutselig å forsvinne og bli erstattet av en helt annen, men beslektet form. Dessuten dukker de fleste store dyregruppene brått opp i fossilene, fullt utviklet, og uten at det ennå er funnet fossiler som danner en overgang fra foreldregruppen.»
Taksonomi
Biologene har ikke klart å konstruere Darwins «livets tre». Biologene håpet at DNA-bevis ville avsløre et stort livets tre der alle organismer er tydelig beslektet. Det har ikke skjedd.
Trær som beskriver det påståtte slektskapet mellom organismer basert på ett gen eller en biologisk egenskap, er svært ofte i konflikt med trær basert på et annet gen eller en annen egenskap. Som tidsskriftet New Scientist uttrykte det:
«Ulike gener forteller motstridende evolusjonshistorier.»
Den fremtredende mikrobiologen Carl Woese forklarte at slike «[p]hylogenetiske» konflikter «kan ses overalt i det universelle treet, fra roten til de viktigste forgreningene innenfor og mellom de ulike taksaene til sammensetningen av selve primærgruppene».
Dette innebærer et sammenbrudd i hypotesen om felles avstamning, altså at alle organismer har en felles stamfar.
Kjemi
Livets kjemiske opprinnelse er fortsatt et uløst mysterium. Alle eksisterende teorier om kjemisk evolusjon har store problemer. Blant de grunnleggende manglene i den kjemiske evolusjonsteorien er mangelen på en forklaring på hvordan en ursuppe kunne oppstå i det fiendtlige miljøet på den tidlige jorda. Eller hvordan informasjonen som kreves for liv kunne genereres av blinde kjemiske reaksjoner.
Som evolusjonsbiologen Massimo Pigliucci har innrømmet:
«Vi har virkelig ingen anelse om hvordan livet oppsto på jorden på naturlig vis.»